தமிழ்நாட்டின் தாமிரபரணி ஆற்றில் மட்டுமே காணப்படும் ஏழு அகணிய (endemic) மீன் இனங்கள் மாசுபாடு, வாழிட இழப்பு, ஊடுருவும் இனங்கள் ஆகியவற்றால் அச்சுறுத்தலை எதிர்கொள்கின்றன. இந்த ஆற்றில் 125 மீன் இனங்கள் அடையாளம் காணப்பட்டுள்ளன. டாக்கின்சியா தாம்ரபர்ணியே (Dawkinsia tambraparniei – தாமிரபரணி செவல் கெண்டை) IUCN சிவப்புப் பட்டியலில் 'அழியும் நிலையில் உள்ள' (Endangered) இனமாகப் பட்டியலிடப்பட்டுள்ளது. ஹலுடாரியா கன்னிக்கட்டியென்சிஸ், கர்ரா கலக்காடென்சிஸ், கர்ரா ஜோஷுவாய், நியோலிசோகைலஸ் தாமிரபரனியென்சிஸ், மெசோனோமாகைலஸ் தாம்பரபர்னியென்சிஸ், ஹிப்செலோபார்பஸ் தாமிரபரனியே ஆகியவை பிற அகணிய இனங்கள். சுத்திகரிக்கப்படாத கழிவுநீர், வாழிட அழிப்பு, கரையோரத் தாவரங்கள் இழப்பு, திலாப்பியா மற்றும் ஆப்பிரிக்கக் கெளுத்தி போன்ற ஊடுருவும் மீன்கள் ஆகியவை முக்கிய அச்சுறுத்தல்கள். தமிழ்நாட்டிலேயே உற்பத்தியாகி மாநிலத்துக்குள்ளேயே கடலில் கலக்கும் ஒரே ஆறு தாமிரபரணி ஆகும்.